VARIAN virus Covid-19 terbaharu seperti Delta dikatakan paling cepat merebak dan berbahaya sehingga boleh menyebabkan kematian jika lambat menerima rawatan di hospital.
Sebelum ini, kaedah Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) dan Rapid Test-Kit (RTK) hanya mampu mengesan sama ada seseorang itu positif atau negatif Covid-19 dan bukannya varian terkini.
Bagaimanapun, kewujudan varian baharu dapat dikesan dengan kaedah penjujukan genom menggunakan mesin khas di makmal.
Dengan itu, sebarang gejala, jangkitan teruk dan respons terhadap rawatan bagi setiap varian juga dapat ditentukan.
Ini membantu proses rawatan pesakit dengan lebih berkesan.
———————————————————————————————————————————————————————————————————————–
OLEH PROF. MADYA DR. NURUL AZMAWATI MOHAMED
PENULARAN Covid-19 yang semakin berleluasa kini berada di tahap membimbangkan hingga mencecah angka melebihi 20,000 kes positif sehari.
Pada masa sama, Kementerian Kesihatan (KKM) telah mengesan varian-varian berbahaya termasuklah daripada kategori Variant of Concern (VOC) dan Variants of interest (VOI) di Malaysia.
VOC merupakan varian virus Covid-19 yang sama ada mempunyai kadar jangkitan lebih tinggi, mampu menyebabkan jangkitan lebih serius atau boleh mengurangkan keberkesanan vaksin.
Antara contoh VOC yang telah dikenal pasti adalah varian Alpha, Beta, Gamma dan Delta.
Sehingga kini, varian Delta merupakan paling berbahaya dan dilaporkan mampu menjangkit dua hingga tiga kali lebih cepat berbanding virus Covid-19 asal.
VOI pula merupakan varian yang mungkin dapat menyebabkan kadar jangkitan lebih tinggi, mengurangkan keberkesanan diagnostik, rawatan dan vaksinasi.
Sehingga 22 Julai lalu, jumlah varian yang telah dikesan oleh KKM adalah 22 kes varian Alpha, Beta (206 kes), Delta (189 kes), Kappa (empat kes), Theta (13 kes) dan tiga kes varian Eta.
Ada juga jenis varian virus yang menular dan menyebabkan jangkitan tidak dapat dikesan melalui proses Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) dan Rapid Test-Kit (RTK).
Pengesanan pelbagai varian Covid-19 ini hanya dapat dibuat melalui kaedah penjujukan genom.
Kaedah ini berlainan daripada kaedah RTK dan RT-PCR, yang mana hasil bagi kedua-dua kaedah ini hanya dapat memaklumkan sama ada pesakit tersebut adalah positif ataupun negatif untuk jangkitan pandemik tersebut.
Proses penjujukan genom merupakan kaedah pembacaan genom genetik asid ribonukleik (RNA) yang dilakukan oleh mesin khas untuk mengenal pasti varian virus.
Proses ini bermula dengan kaedah penyampelan nasopharyngeal (penyampelan dari hidung) ataupun oropharyngeal (penyampelan dari mulut atau swab).
Setelah mendapat sampel, proses seterusnya melibatkan pengekstrakan genom RNA daripada sampel terbabit.
Kandungan genom RNA umpama peta yang mengandungi maklumat terperinci tentang virus tersebut.
Maklumat yang terkandung dalam genom RNA merupakan empat nukleotida terdiri daripada A, U, G, C.
Setiap varian virus mengandungi susunan atau kombinasi nukleotida unik dan membentuk genom RNA tersebut.
Apabila sampel dimasukkan ke dalam mesin bagi penjujukan genom, pembacaan susunan nukleotida yang membentuk RNA genom akan bermula sehinggalah pembacaan peta genom RNA bagi virus tersebut selesai.
Untuk makluman, virus Covid-19 mempunyai 845 nukleotida.
Oleh itu, bagi penjujukan genom pandemik itu, setelah 845 nukleotida dibaca, saintis akan mengunakan data ini untuk mengenal pasti varian yang dijujuk.
Baru-baru ini, Menteri Kesihatan, Datuk Seri Dr. Adham Baba mengumumkan KKM akan memulakan projek penjujukan genom Covid-19 secara konsortium melibatkan Institut Penyelidikan Perubatan (IMR), Kementerian Sains, Teknologi dan Inovasi serta
beberapa buah universiti.
Sebelum ini, penjujukan genom Covid-19 telah pun dilakukan oleh beberapa penyelidik secara berasingan.
Kewujudan konsortium ini dilihat dapat memudahkan koordinasi dan pengumpulan data jujukan genom.
Projek yang melibatkan dana sebanyak RM30 juta itu akan menganalisis kira-kira 3,000 sampel dalam masa tiga bulan.
Penjujukan genom secara kerap membolehkan kerajaan mengenal pasti kawasan hotspot atau superspreader disebabkan jangkitan varian Covid-19.
Ia juga boleh memastikan sama ada setiap kluster jangkitan mempunyai kaitan antara satu sama lain atau tidak.
Maklumat ini sangat berguna kepada pihak kesihatan awam untuk aktiviti pengesanan kontak dan memastikan langkah pencegahan lebih tersasar dapat dilakukan.
Penjujukan genom berterusan dapat membantu penyelidik mengesan kehadiran varian baharu dengan lebih awal.
Justeru, sebarang gejala, jangkitan teruk dan respons terhadap rawatan bagi setiap varian juga dapat ditentukan.
Ini membantu proses rawatan pesakit dengan lebih berkesan.
Di samping itu, penjujukan genom boleh mengenal pasti keberkesanan vaksin terhadap varian dan juga memberi informasi untuk penghasilan ubat atau vaksin baharu.
———————————————————————————————–
PROF. MADYA DR. Nurul Azmawati Mohamed ialah Pensyarah Mikrobiologi Fakulti Perubatan dan Sains Kesihatan, Universiti Sains Islam Malaysia, Nilai, Negeri Sembilan.
